Veel Groningse kloosters hebben hun functie tijdens de kerkhervormingen in de zestiende eeuw verloren. Het voormalige kruisherenklooster in Ter Apel is op tamelijk unieke wijze bewaard gebleven. De laatste prior heeft hierin een belangrijke rol gespeeld.

De laatste prior van het voormalige klooster is Johannes Emmen. Hij verschijnt als prior voor het eerst in 1587 in de archiefstukken. Het zijn destijds harde tijden voor het klooster door de Tachtigjarige Oorlog. Dit blijkt onder meer uit de verkoop van rentes en het verkrijgen van vrijbrieven.

In 1593 heeft graaf Willem Lodewijk heerlijkheid Westerwolde veroverd. Het katholieke geloof is met de reductie van Groningen in 1594 afgezworen. Het kloostergebouw krijgt een andere functie en wordt gastenhuis. Johannes beheert het gastenhuis en de omvangrijke landerijen van het klooster.

In 1603 krijgt hij toestemming om te trouwen en in 1604 is hij de eerste Hervormde predikant in Ter Apel. De voormalige kloosterkerk heeft de functie van een Hervormde kerk gekregen. De diensten worden echter, ondanks reprimandes van de autoriteiten, nog lang volgens de katholieke leer vormgegeven.

Emmen sterft in 1614 en wordt begraven in het koorgedeelte van de kerk. Zijn grafzerk vermeldt onterecht 1613 als overlijdensjaar. In tegenstelling tot twee andere zichtbare priestergraven heeft de grafzerk van Johannes Emmen niet de typerende hostiekelk. Hij was bij zijn overlijden immers geen priester meer maar ‘slechts’ bewaarder van het huis.